鸭肠可以冷冻保存，但是不能长时间保存，以免导致鸭肠变质。放在冰箱保存鸭肠时，需要先将新鲜的鸭肠放在锅中焯水，沥干水分后，用保鲜袋分装成小包装袋，然后直接放进冰箱冷藏保存，便可延长保存3-5天。
在冷藏鸭肠时，还可以先用冰块对鸭肠进行初步冷却后，再放进冰箱冷藏。提前准备一些冰块，将处理干净的鸭肠倒进容器内，加入20克木瓜蛋白酶搅拌均匀，再加入清水没过鸭肠，浸泡5-6分钟。
然后将盆内的水倒出一半，重新加入1升清水，并将提前准备好的冰块填满鸭肠，等待15分钟，这样能使鸭肠的口感更加脆嫩。最后，将鸭肠沥干水分后，分装进封装带中，放进冰箱冷藏保存即可。如果家中没有木瓜蛋白酶，也可以使用小苏打或者是食用碱。
在食用冷藏过的鸭肠时，需要先将鸭肠用流水冲洗干净，然后放在清水中浸泡半个小时，在浸泡期间需要多次换水。
鸭肠主要分为两种，一种是新鲜的，另一种是干货。做成干货的鸭肠可以保存更长时间，放进冰箱保存也不会影响口感，但是会在制干的过程中添加大量化学添加剂，因此还是尽量选择新鲜的鸭肠食用，既能品尝到鸭肠的风味，还能使鸭肠更加卫生健康。