罐装饮料的灭菌方法有两种，一种是热杀菌，另一种则是冷杀菌。热杀菌指的是借助热力作用将微生物杀死的杀菌方法，冷杀菌是非热杀菌技术主要包括物理杀菌和化学杀菌，采用电磁波、压力、光照等进行杀菌。
制作饮料时，厂家都会进行杀毒灭菌，其杀菌方式都不一样。大多数饮料中都含有碳水化合物、蛋白质、维生素等营养，是适合微生物生长繁殖的重要场所。为了保证饮料的口感和风味，饮料在进行出售之前必须进行杀菌处理。
热杀菌是最常见的灭菌方法之一，也是比较简单容易的灭菌方式。一般热杀菌方式有高温长时杀菌、超高温瞬时杀菌等。而加热方式又分为蒸汽直接加热、间接加热等。
冷杀菌一般采用的都是物理手段，或者通过化学试剂来达到杀菌的效果。通常来说，最常见的冷杀菌有辐射杀菌、紫外线杀菌、磁力杀菌、超高压杀菌等。冷杀菌的过程中，食品温度不会出现升高或降低的情况，这样既有利于保持食品中功能成分的生理活性，又有利于保持色、香、味及营养成分。