百合莲子粥没有什么特别的禁忌，不过百合莲子粥属于凉性的食物，对于寒性体质的人来说，最好不要食用，孕妇和哺乳期的女性以及经期女性都不要食用，避免给身体造成不必要的伤害，另外，风寒咳嗽脾胃虚弱的人也不要吃。
百合莲子粥具有降血糖、血脂的作用，只是食补，不能当做药物，适量的食用些百合莲子粥，能为身体带来许多好处，比如可以安神助眠、润肺止咳、清热降火等，但并不是所有人都能饮用百合莲子粥，对于脾胃虚寒者、肥胖、糖尿病患者、严重便秘者都不能食用。
对莲子或者是百合过敏的人，也不宜喝莲子百合粥，以免引起过敏反应，莲子粥本身就属于寒性食物，即便是正常体质的人也不能食用太多。莲子粥中含有大量的淀粉，对于肥胖者和糖尿病人要控制摄入量，平时最好不要食用百合莲子汤，避免身体出现不适现象。
百合莲子粥含有丰富的维生素C以及大量的蛋白质，可以帮助我们身体新陈代谢，提供机体免疫力。百合莲子粥只是一种食疗的食谱，不能当做药物来服用，对于特殊体质的人，尽可能的不要饮用百合莲子粥。