火车上的卫生间若是直通的，可以直接将卫生巾扔到蹲便器中，若不是直通的，要扔到车厢壁上的废纸箱中，部分火车的卫生间有放置的垃圾桶，也可以扔到垃圾桶中。
乘坐火车时，不管硬座、软座还是卧铺，每个车厢中都有相应的卫生间、洗手池，一般在两节车厢的连接处，方便乘客在乘坐火车时进行大小便。
不同火车的卫生间形式也有很大的区别，有的火车上的卫生间属于直通形，将废纸扔进蹲便器后，便会被水流直接冲到铁轨上，有的属于封闭式的，若将废纸扔到蹲便器中便会出现堵塞的情况。
进入卫生间后，要先关闭卫生间的门，然后观察车厢壁上是否有提示语，一般情况下，如果车厢壁上有废纸箱，便会有对应的提示语，方便乘客扔废纸。
很多火车中的卫生间和轨道是相通的，排泄物会直接落到轨道上，为了避免排泄物出现在站台附近，散发出难闻的气味，火车进出站的前五分钟会暂停卫生间的使用。
随着不断的发展，动车、高铁以及部分火车都已经开始使用真空集便器，将粪便收集起来后，会暂时存放在集便器中，等列车到站后再进行统一处理。