如果是煮熟的木耳不可以隔夜吃，营养价值会流失，但不具有毒性，若一直泡在水里的话，隔夜没有发生变质现象是可以吃的，没有毒性，不过木耳浸泡的时间不能超过24个小时，如果超过的话则会产生毒性，即便是没有变质也不能再食用了。
储存木耳的最好方式是放入冰箱冷藏，最好用保鲜碗密封好，放在温度3~7度环境下的冰箱保存，这样能减少细菌和有毒物质的滋生，延长保鲜时间，一般能存放2天左右，前提是没有发生变质，若发生变质的话就不能继续食用了。
木耳可以放在水里浸泡，但是浸泡的时间不能太长，否则会大量滋生细菌、霉菌等，从而发生相应的变化，导致木耳腐烂、有异味、黏滑等，甚至会出现青霉素、黄曲霉毒素等有毒物质，如果不小心食用了浸泡太长时间的木耳，则会发生腹泻、呕吐等症状，应该及时到医院就诊。
食用木耳之前，应该用清水反复清洗几遍，最好用温水清洗，能将木耳表面的灰尘和脏东西去除，然后再用沸水焯过2分钟左右，最后便可进行翻炒或凉拌。