木瓜发苦可能是因为在生长过程中由于割伤表皮导致的，或者是木瓜受伤后，肉质结构发生了变化，所以导致木瓜吃起来有点苦。成熟度不够的木瓜也会发苦，再者是清洗不干净，就会造成木瓜发苦。
木瓜是一种营养很丰富的水果，正常情况下，木瓜吃起来甜甜的，没有苦味，而吃起来有点苦，其原因有多种。如果木瓜的成熟度不够高，那么是不能继续吃的，需要进行催熟后食用。你可以选择谷糠催熟或者是阳光直射，直到将木瓜催熟就能食用了。
如果不是成熟度的原因，或者也不是因为清洁原因，仍然有发苦的味道，就不要吃了。苦木瓜口感不好，吃新鲜的木瓜比较好。木瓜只能吃木瓜的果肉，食用之前需要去掉外皮和里面的木瓜籽，再清洗干净便可食用，若是果皮去的太薄，靠近外皮的果肉就会带有苦味。
木瓜是热带水果，常温保存就可以，不需要将木瓜放进冰箱保存。木瓜对低温的环境很敏感，在保存过程中，如果木瓜长期处于低温的环境，就会严重影响其品质和食用。