如果保存得当的话，没有发生变质的花甲是可以吃的，但如果已经发生变质，花甲是不能吃的。
烹饪过的花甲在保存的时候，需要进行低温保存，避免在室温的环境下保存。花甲通常是夏季和秋季食用的食物，这两个季节夜间的温度都较高，将花甲直接放在室温的环境下保存时，会滋生大量的细菌。
将未食用完的花甲用保鲜膜密封好后，放在冰箱的冷藏区中，通过低温的环境来抑制细菌的滋生，同时避免花甲发生变质的现象。
冷藏室的低温环境只能抑制细菌的生长速度，但无法完全避免细菌的滋生，所以不能存放时间过久。
鲜活的花甲经过适当的保存，可以保存2-3天，即使隔了一夜，花甲也是较为新鲜的，但如果出现花甲大量死亡的现象，建议不要食用。
在保存新鲜花甲的时候，在浸泡花甲的清水中加入适量的海燕，模拟花甲的生存环境，放在低于10摄氏度的地方，并盖上一张报纸，就可以隔夜保存。
而在烹饪隔夜花甲的时候，需要经过高温杀菌消毒，因此需要使用适量的白酒、大蒜、生姜等食材搭配烹饪，同时延长烹饪的时间。