直饮饮水机的清洗方法比较简单，首先切断直饮饮水机的电源，打开箱体取出滤芯，将滤芯桶装回原位。
用中性清洗剂清洗饮水机的表面，一定不要用酸性或者碱性的清洗液清洗，以免腐蚀直饮饮水机的外壁，影响美观。
用酒精清洗直饮饮水机的进水口、内壁、龙头，水盆，把滤芯更换掉，并且将使用的滤芯用清洗液浸泡两三分钟作用，接着冲洗干净。
在没有放置滤芯之前，打开水龙头和店员，用自来水进行机内的冲洗。最后将饮水机的滤芯安装回到滤芯桶，这样清洗工作就完成了。
饮水机还可以用白醋清洗。将饮水机中加入八分满的水，接着加入半瓶白醋，让其在饮水机中大约半个小时左右，这样饮水机就可以被清洗干净了。
柠檬也可以除掉饮水机中的污垢。取出一个柠檬，将柠檬汁挤到刚才接了水的水容器中，如果不小心将柠檬的籽挤到水中，浸泡一个小时左右，再用清水冲洗几遍，这样饮水机可以冲洗干净了。柠檬不仅有杀菌作用，对于烧水累积的水碱还有一定的效果。