木瓜苦可能是因为木瓜在生长过程中出现一些问题，可能是因为木瓜是闷熟的，可能是成熟度不够，如果木瓜没清理干净也会有苦味。
木瓜苦，很多都是因为在木瓜生长过程中割伤表皮。木瓜受伤后继续生长时，肉质结构发生变化，所以就苦。以后在选购木瓜的时候，如果看见木瓜表皮有一条条划痕，就不要买了。
如果选购的木瓜是生的时候就摘下来闷熟的，吃起来就会是苦的，还有被霜打过的木瓜也是苦的。大家在选购木瓜的时候最好选表皮干净的，长得端正不畸形，没有压伤、熟得均匀光亮，轻捏起来有点硬中带软，那就说明木瓜熟得刚好。虽然不提倡挑太生的，也不要挑太熟的。
木瓜成熟之后果肉柔软，很容易就会碰伤，很不适合运输，因此，果农在采摘木瓜都是生采，并没有等到木瓜成熟，这时候的木瓜都是青色，这种木瓜买回去之后需要经过催熟，或者做菜吃，直接食用是有苦味，属于正常现象。
木瓜只能吃木瓜的果肉，食用之前需要去掉其外皮和里面的木瓜籽，再清洗干净便可食用，若是果皮去得太薄，靠近外皮的果肉会带有苦味，因为木瓜果皮中含有苦味成分，并且木瓜籽也带有苦味。