its序列的介绍,有了物种的ITS序列,怎么构建系统树?
网友回答
在 rDNA 基因中,5.8S rDNA 和 28S rDNA 基因间隔序列称为(ITS),它的长度和序列变化较大,将其扩增物进行 RFLP 或序列分析,可用于对真菌的不同生物型、菌株、种、属进行分类鉴定。甚至用于区分关系非常近的种。
网友回答
我是用MEGA4软件做的。
1、打开软件,单击Alignment-Alignment Explorer/CLUSTAL,选择Retrieve sequences from a file载入下载的序列,要是fasta格式的。
2、单击Alignment-Align by Clustalw,参数默认,OK。
3、关掉窗口,选择保存。
4、回到主窗口,将保存的文件打开,关掉跳出的窗口。
5、构建NJ树。单击Phylogeny-Bootstrap Test of Phylogeny-Neighbor-Joining.
6、参数设计。默认。
这就完成了。接着你可以更改序列名称,选择你所要的类型图,单击Image-Save as Enhanced Metafile(EMF),导出文件。导出的图形可用Illustrator进行编辑。