一、在交易过程中的安全问题
在交易过程中，针对每个交易主体，存在以下安全问题。
1.对于消费者
一是被他人冒领、盗领款项所发生的损失。由于相关的立法工作相对落后，对消费者的损失就很难提供有效保障。另外对于网络内部系统发生故障、操作错误等问题时对消费者的经济方面也会造成一定的损失。二是交易受阻。如果在交易过程中，发生因为断线、卖家拒收或其他原因，就会为消费者带来无法正常完成交易的困扰。
2.对于银行
不能预先知道客户的随机付款、对客户付款次数、付款金额等都不易掌控得到，从而容易造成风险。此外，国家对身份认证的权威性、数据加密强度、通讯安全控制措施等核心技术没有相应的标准。各家银行各行其是，互不兼容，一旦发生法律纠纷,商业银行将处于被动地位。
3.对于第三方支付平台
其本身的法律地位并不是很明朗。我国法律规定只有金融机构才有权利接收代理用户的资金。第三方支付平台作为非金融实体，通过提供支付的方式“吸储”不符合法律规定。同时在第三方交易模式中，第三方支付平台积纳了大量中转资金，一旦发生挪用挤占，将会引起整个支付产业链的恐慌。
4.对于商户
电子支付制度漏洞为客户参与洗钱等不法活动提供了帮助，其中网络赌博所产生的付款问题已经逐渐显现。由于各国对电子支付工具并未规范，并不需要保存交易记录、报告或确认客户身份等义务，就无法追踪.还有就是随着网上银行的兴起，将使管制措施难以强制执行，这就为规避监管、在海外开设银行账户的不法分子提供了可乘之机。
二、信息及网络存在的安全问题
1.信息泄漏
在整个交易过程中，可以说消费者处于弱势。因为商家可以选择支付方式，而消费者在填完一大串信息后不知道这些信息将流向何方，很难杜绝信息的泄漏。
2.网络设施落后
我国由于经济实力和技术方面等原因，网络的基础设施建设还比较缓慢和滞后，另一方面，上网用户少，网络利用率低，致使网络资源大量闲置和浪费，投资效益低，这些都严重制约着网络的进一步发展。同时，与银行、税务等十几个部门的联网尚未实现。因此，如何加大基础设施建设的力度，提高投资效益，改变网络通信方面的落后面貌，应是促进电子商务应用普及的首要问题。
3.潜在隐患
电子支付业务大多是通过网络进行，没有了以往的签字、盖章及纸质凭证。银行业务的各种账务和记录都可以不留痕迹地修改，监管部门看到的数据并不能正确反映支付的真实情况，这给电子支付带来了潜在的安全隐患。