从支付宝的业务运行流程可以看出，由于存在资金收付的时间差，买方资金在支付宝平台有一个短暂的滞留期，一般来说，资金在支付宝至少要滞留2～10天的时间。在这段时间，该资金就由支付宝支配，只要每天都有大量的交易，支付宝就会积累大量的、稳定的沉淀资金。
由于“支付宝”等第三方支付机构、商户、持卡人在网上支付行为过程中，均无需向银行支付任何费用，非法套现成本较低。因此银监会在监管意见中指出，商业银行要加强对“支付宝”等网上支付交易的监控，对网上信用卡支付业务实行适度收费制度，以减少信用卡套现现象。同时，银监会要求，应尽快完善网上银行风险管理体系，及时发现风险隐患，一旦网上支付业务出现重大风险隐患，各行应停止与“支付宝”等第三方支付机构之间的业务合作。
目前，支付宝是国内最大的第三方支付平台，其在国内电子支付领域所占市场份额超过60%。支付宝近发布统计数据称，截至今年2月底，支付宝注册用户已经达到1.5亿，占国内网民总数的50%，这就意味着过半数的网民使用电子支付。
支付宝面临着以下风险：
网上银行安全有软肋
目前网上银行普遍采用的三大安全措施都可以找到漏洞，如果黑客用心琢磨，而又恰好碰上了用户的“配合”，账户中的财产就可能被盗走。
U盾都有可能出问题
被认为最安全的防护措施“硬证书”U盾，都有可能出问题，“一种情况是黑客已经远程控制了你的电脑，又正好发现了你的网银账户里资金充裕，这时候，如果你使用完网银还没及时拔掉U盾，这种最安全的保护措施自然就失效了。”有关专家说。
对另一种防护措施“口令卡”来说，有违法者想法设法骗取密码。他们先用假网页骗得卡号和密码，接下来，再制造网站正在升级等假象以争取时间，继续骗取用户的口令卡密码，最后，骗子再登录用户真正的银行网站完成转账。
相对而言，第三种保护措施“软证书”（也就是直接下载到电脑中的数字证书）的风险更大一些，不过，中国金融认证中心的安全专家说，目前已经有专门保护软证书密码的“保险箱”技术，能大大提高安全性。