水族箱中，硝化细菌是不会对鱼造成伤害的。但是要控制水族箱中硝化细菌的数量，以免硝化细菌数量多过导致养分不足，出现大量死亡的现象，从而破坏水质。
硝化细菌是一种好氧性的细菌，生活在有氧的水中或者砂层中，其食物来源主要是水中放入氨氮。
水族箱在养鱼的过程中，残饵、鱼粪、腐烂的水草等物质会产生大量的亚硝酸盐，亚硝酸盐的浓度一旦超标会导致鱼类大量死亡。而硝化细菌的主要作用就是分解亚硝酸盐，减少水生环境对鱼的影响，增强鱼的免疫力。
通常，建立起水生环境后，添加一至两次硝化细菌后，就可以自行繁殖菌落，无需多次添加，以免影响水质。在换水的时候，换水的换水量不能超过水族箱水量的五分之一，这样才能保证水箱中的硝化细菌的正常含量。
添加硝化细菌的时候，尽量不要直接将其倒进水族箱内，以免造成浪费。将硝化细菌倒在潜水泵的海面上，重新安装好后，正常使用潜水泵就可以了。
硝化细菌是一种不喜欢光的细菌，在添加的时候，尽量在较为阴暗的环境中进行，避免阳光中的紫外线将硝化细菌消灭。