请假已扣除每月工资，绩效考核仍以未全勤不全额发放，违法吗

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合法不一定合理。如果公司制度，绩效要求全勤是不违法的，对绩效，公司可自行操作，除非工资低于当地最低工资标准，绩效工资，年终奖等福利，公司有自主操作权。