很多人容易把酸汤鱼和酸菜鱼搞混，其实酸汤鱼和酸菜鱼在菜系、产地、做法、口味和功效方面均有所不同。
从起源地来讲，酸汤鱼，是黔桂湘交界地区的一道侗族名菜，入口酸味鲜美，辣劲十足，是苗族独有的食品；而酸菜鱼则起源于重庆，属四川菜系，以其特有的调味和独特的烹调技法而著称。
二者在做法上也多有不同，酸汤鱼大多把鱼切块，而酸菜鱼则把鱼肉片成片，酸汤鱼里面放的是自制酸汤，而酸菜鱼里面放的是酸菜。
二者在口味上也多有不同，首先酸汤鱼的酸，是因为加入了特产糟辣椒和贵州当地许多有营养价值的中草药，借蕃茄酸烹出自然酸汤；而酸菜鱼讲究的是酸而不醋，酸带有川地酸菜特有的味道，还保留了泡椒的淡淡辣味，越煮越香，酸辣甘鲜。
在营养价值方面，酸汤鱼一般用鲶鱼和西红柿作为主料，性味甘、温，有补虚催乳、利尿止痢的功效，富含维生素C，美容养颜；酸菜鱼，主料多为鲤鱼和酸菜，含丰富优质蛋白，味甘、性平，具有滋补健胃、利水消肿、通乳、清热解毒的功效，还可以开胃提神、醒酒去腻，不仅能增进食欲、帮助消化，还可以促进人体对铁元素的吸收。