请病假两天，告知扣除全勤奖和当月的（中秋节）加班工资

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如果用人单位的规章制度里规定可以扣全勤奖，并且该规章制度是经过民主程序制定(即制定时经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定)且向劳动者公示过，可以扣。否则扣除属于违法。