农业保险作为一种专业化、市场化的风险管理机制，可以通过分散农业生产、农村建设、农民生活中的各类风险，在建设社会主义新农村中发挥积极的作用。然而，目前的农业保险状况并不尽如人意。现阶段，我国的农业保险主要存在以下问题：
1.农业保险的法律定位不明。我国自1982年恢复农业保险业务以来，迄今为止，尚没有一部专门规范农业保险的法律法规。由于法律法规的欠缺，目前农业保险在组织制度、业务经营方式和会计核算制度等方面都是参照《保险法》中对商业保险的管理办法进行管理的。由于法律定位不明，忽视了农业保险的特殊性，必然会制约农业保险的规范化、制度化建设，从而严重影响农业保险各项工作的开展。
2.农业保险的政策扶持力度不足。目前国家对农业保险除了免征营业税外，尚无配套政策对农业保险业务予以专项扶持。政策的缺失，必然使农业保险的发展缺乏坚实的基础。研究表明，除浙江、上海等少数经济发达地区，由于政府财政资金雄厚，而农业占该地区GDP的比重较小，无论采用“共保体”模，还是实行“大农险”模式，依靠政府补贴，基本能够满足农业保险的发展需求。但在经济欠发达地区，农民收入水平低、政府补贴不足等问题严重制约了农业保险的发展。从长远看，要发展农业保险，无论采取何种模式，如果没有充足的财政补贴，农业保险就不能起到充分的保障作用。
3.农业保险集中度高，分散风险能力弱。自2005年政策性农业保险试点以来，全国39家财险公司中仅有中国人保、中华联合和安信、安华、阳光、安盟四家专业性的农业保险公司开办区域性农业保险业务，其余的33家财产保险公司基本不涉足农业保险。农业保险试点的险种少，普及率低，市场集中度非常高，分散风险能力弱。据有关资料显示，目前全国粮食作物的承保比重只有0.01%，棉花为0.02%，大牲畜为1.1%，家禽为1.3%，水产养殖为1.3%。而一些发达国家，如美国和加拿大，农保面积占总耕地面积的65%，日本这一比例则为90%。相比之下，我国农村绝大多数的种植、饲养和水产养殖业没有相应的保险，损失也就无法得到有效补偿。加之政策性农业保险的试点时间短，且仅限于局部地区，使得农业巨灾风险无法转移。
4.农户缺乏经济实力，保险意识较差。我国农户家庭生产规模小、收入水平低、保费支付能力不足，特别是中西部地区主要从事小规模种植业的农户，大多缺乏为其农牧业生产项目投保的支付能力。对于经济比较发达的东部地区，部分首先走上致富之路的农民，在自愿投保的前提下，由于受自身文化水平的制约，加之宣传不到位，很多农户也少有对农产投保的意愿。调查显示，只有1%的农民非常了解农业保险业务，10%的农民比较了解，51%的农民知道有此项业务，但具体内容不清楚，另外38%的农民则根本不知道有此项业务。
5.保险公司缺乏经营兴趣。由于农业保险本身的特殊性和复杂性，致使保险公司对经营农业保险的兴趣不高，从而对农业保险的发展形成了严重制约。究其原因，主要是农业保险的高赔付率、高成本性违背了保险公司的商业化经营目标，加之农业保险的技术手段缺乏，农业生产高风险性容易诱发严重的道德风险等，使得保险公司对经营该类保险产品“不感冒”。