股票分批卖出，为什么成本价突然变得很大

一支股票2000股，是一批买进的，卖出时分批卖，先卖了1000股，卖出之后发现成本价突然变得很大（比如卖出前是20块成本单价，卖出1000股后突然变成25了，照这样算的话，那不是亏大了），这是怎么回事。
这样的成本变化会影响结果吗（假定两批卖的价格都一样）。