公司给员工发现金，不管工资金额多少都要扣去%2税金，这样合法吗？

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当然不合法，个人所得税是按照工资收入减除5000元费用和个人负担的三险一金，再减除专项附加后的余额为应纳税所得额，按照3%-45%七级超额累进税率计算的。