在我国小微企业蓬勃发展的新形势下，融资难仍旧是许多小微企业最大的痛。尽管有民生银行、平安银行等多家机构采取各项服务措施，致力于为小微企业提供更好的融资通道，但是众多小微企业融资难的问题短期内仍旧难以获得根本性的改善。因此，在传统的银行信贷渠道之外向小微企业提供融资服务的小额贷款公司就引起了社会各界的广泛关注。小额贷款公司作为新生事物，它的发展必定要经历从不完善到完善的过程。作为我国首家网络小额贷款公司，阿里小贷的发展也存在着一些问题：
（一）阿里小贷身份特殊，定位模糊
目前我国对发展小额信贷组织还处于摸索试点阶段，尚没有一套法律框架来界定其法律地位。2005年中央1号文件明确，有条件的地方可以探索建立更加贴近农民和农村需要、由自然人或企业发起的小额信贷组织。2008年5月银监会、中国人民银行联合出台了《关于小额贷款公司试点的指导意见》，自此小额贷款公司在我国取得了合法地位。2009年6月银监会又发布了《小额贷款公司改制设立村镇银行暂行规定》，但这些规定都没有上升到立法层面。小额贷款公司以企业法人身份在工商部门登记注册，经营着银行业务性质的金融业务，但没有取得金融许可证，因而不受到《商业银行法》等法律体系的覆盖。
由于不承认其为金融机构，阿里巴巴小额贷款公司就不能在税前提取风险准备金，也不能按“银行间同业拆放预期年化利率”从银行业金融机构获得资金支持；无法纳入人民银行结算系统，也无法获取人民银行征信系统中的信息。
（二）阿里小贷资本规模有限，后续资金来源不足
资金是小额贷款公司持续健康发展的基本要素。根据规定，小额贷款公司不得向内部、外部集资或变相吸收公众存款；其资金来源只能是股东缴纳的资本金、捐赠资金以及不超过两家银行的融通资金。这一规定，限制了小额贷款公司正常的融资渠道，使其无法获得低成本的社会闲散资金为其所用，导致了后续营运资金不足，资金周转率、利润率降低。虽然根据有关规定，小额贷款公司可以从两家银行业金融机构获得不超过资本净额50%的融入资金，但这不足以缓解小额贷款公司的资金压力。
（三）阿里小贷转型困难，不确定性因素多根据有关规定，小额贷款公司在自愿的原则下，可以转变为村镇银行或者贷款公司，但是其条件限制较为严格，其最大股东或唯一股东必须是银行业金融机构。而《贷款公司管理暂行规定》对于股东的规定更加严格，投资人必须为境内商业银行或农村合作银行。无论哪一项规定，基本点都是银行必须控股或者全资经营。
2010年，阿里巴巴在淘宝网上发布一份“小额贷款需求调研问卷”，以阿里巴巴小额贷款公司升级为ABCD银行为假设，向淘宝网上个人买家了解提供存、贷款以及虚拟信用卡服务的可行性。阿里小贷2010年才刚刚成立，离满足升级为社区银行需要经营三年的期限还早。同时，即便阿里小贷可升级为银行，也必须找一家金融机构作为主发起人，阿里巴巴对银行的控股权需控制在20%以下。
（四）阿里小贷与支付宝资金无法关联
2010年，人民银行为规范非金融机构的支付业务，降低网络支付为用户以及整个金融市场所带来的风险，颁布了《非金融机构支付服务管理办法》，支付宝被划为非金融机构。该办法规定，第三方支付公司均需申请取得《支付业务许可证》，才算获得合法运营“牌照”。根据规定，为保障“沉淀资金”安全，支付机构需要选择一家商业银行作为备付金存管银行。2010年6月8日，支付宝确认工商银行作为其备付金存管银行。
由于支付宝是非金融机构，同时阿里小贷的身份不清，阿里巴巴目前还无法利用支付宝拥有的巨大资金链获取预期年化收益。