1、蓄电池与起动机维护成本较高：
频繁的启停发动机，会对相关部件，如起动机和蓄电池造成损害。虽然带有自动启停系统的车都会采用增强型启动机和蓄电池，但实际使用中，它们的故障都会高于未搭载自动启停系统的普通车辆。
2、用户体验较差：
各个品牌的不同车型，自动启停系统的设计也不同。一些车型的启停逻辑不是很好，介入时间拿捏不准，有时候长时间停车启停系统没有动作，而在收费站刷卡时轻轻一脚刹车却让它不请自来。另外，启动时噪音和震动较大，也是乘坐者最为诟病的一项缺点。
3、堵车更费油：
如果遇上严重堵车，发动机停止工作的时间较长，燃烧室温度降低，未完全燃烧的碳氢氧化物和石蜡会形成积碳附着在气缸内壁。如果油品不好，情况会更严重。积碳会令油耗变高、动力变弱，本是为降低油耗设计的自动启停功能，反倒增加了油耗。
启停系统的工作原理是，当车辆因为拥堵或者路口停止行进。驾驶员踩下制动踏板，停车摘挡。这时候，Start/Stop系统自动检测：发动机空转且没有挂挡；防锁定系统的车轮转速传感器显示为零；电子电池传感器显示有足够的能量进行下一次启动。
满足这三个条件后，发动机自动停止转动。而当信号灯变绿后，驾驶员踩下离合器，随即就可以启动“启动停止器”，并快速地启动发动机。在自动挡车型上，只要一松开刹车，或者转动方向盘，发动机又会马上自动点火，立即又可以踩油门起步，整个过程都处于D档状态。