安国君正式当上皇帝三天后便去世了，终年五十三岁，非常令人遗憾，因为其死的太突然了，史料并没有记载他的死因。但是对于他的死因后人也有很多种猜测，具体有以下这几种说法。
第一，安国君是病死的。他死的时候53岁，在当时已经算是高龄了，毕竟古代医术不发达，当皇帝又那么累，活过七十已然是个奇迹。再加上他当了那么多年的太子，不用操心国事，整天享乐，后宫嫔妃那么多，难免纵欲过度，身体不好也是在所难免的。关键是秦昭襄王死后，他还守了一年丧，要知道古代守丧可是很累的，他身体那么弱，一定受不了，最终就得病而死了。
第二，安国君是精神错乱而死。他当了那么长时间的太子，一直没能成功的当上大王，心中一定非常着急，但是又不能明目张胆的跟自己的父亲提意见。因为其父秦昭襄王晚年猜疑心特别重，连大将白起都被赐死了，何况是自己的亲生儿子呢？所以太子安国君年轻的时候活得提心吊胆的，一直小心谨慎行事，都快把自己逼疯了，最终当上大王也抑郁了，没过多久就死了。
第三，兴奋致死。众所周知，安国君活得非常不容易，虽然成功的当上了太子，但是自己的父亲一直掌权，他完全跟国家大事沾不上边，所以内心对王位非常渴望。等了二十多年，自己的父亲终于死了，苦日子结束了，他非常高兴，可能因为太过兴奋夜里都睡不着觉。
而且当了大王没几天他就烦了，因为当太子的时候生活非常安逸，没有那么多的政事缠身，当上大王以后虽然位高权重，但是朝中有很多冗杂的政务，看着就头疼，加上本身兴奋还没缓过来接着就病倒了。
第四，被吕不韦害死。因为当时关于立太子的事情辗转了很久他才同意，当时吕不韦跟华阳夫人嘴皮子都快要磨破了，所以当他答应立太子的那一刻，吕不韦就非常兴奋。但是安国君身体还很健康，要等到好兄弟秦异人当上大王估计又要好长一段时间，他不想一直等下去，为了让异人尽快即位，所以在秦孝文王服丧完成并后，就毒死了他，但是这种说法无从考证。
以上的几种说法也不过仅仅是一些猜测而已，没有具体史书典籍记载，就连司马迁的《史记》中都没有明说，所以他的死因恐怕只有自己知道了。