这两种摩托车的不同之处主要在于发动机结构，动力，价格，平顺性等。双缸发动机的动力，平顺性都要比单缸发动机更好，但是双缸发动机结构更加复杂，成本更高，价格也是更贵的。
摩托车的发动机工作原理其实与汽车发动机是相同的。
大部分摩托车都在使用四冲程汽油发动机，这种发动机在工作时有四个冲程，这四个冲程分别是吸气冲程，压缩冲程，做功冲程，排气冲程。
发动机处于吸气冲程时，进气门会打开，此时活塞会向下运动吸入可燃混合气。
发动机处于压缩冲程时进排气门都会关闭，此时活塞会向上运行压缩可燃混合气。
发动机处于做功冲程时，火花塞会点燃汽缸内的可燃混合气，燃烧的可燃混合气会向下推动活塞，此时活塞会向下运动，这样发动机就可以输出动力了。
发动机处于排气冲程时排气门会打开，此时活塞会向上运行，这样就可以将汽缸内的废气排出了。
在发动机运行时，发动机会不断循环这四个冲程。
也有一些摩托车会使用二冲程发动机，二冲程发动机的工作原理与四冲程发动机是不同的。