A、B、C、D四个基因位于非同源染色体上，基因型分别为aaBbCCDd和AaBbCCdd的两种豌豆杂交，其子代中纯合体的比例为A.0B.1/16C.1/8D.1/4

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C解析由题意可知，aa×Aa子代中纯合体的比例为1/2，Bb×Bb子代中纯合体的比例为1/2，CC×CC子代中纯合体的比例为1，Dd×dd子代中纯合体的比例为1/2。所以基因型分别为aaBbCCDd和AaBbCCdd的两种豌豆杂交，其子代中纯合体的比例为1/2×1/2×1×1/2=1/8。故本题选C。