劳动合同中约定工资已低于本市最低工资，现在公司以基本工资+职等工资为加班基数，绩效奖金与全勤奖都不算

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绩效奖金和全勤奖，是属于补贴奖金类，不是计算工资基数的固定组成部分。因为绩效和全勤都要根据你的实际工作情况而定..因此公司以基本工资加职等工资为加班基数是合理的，当然若公司擅自擅自通过压缩固定额职等工资，提高非确定的绩效和全勤就涉嫌违法了。