我在当兵期间在16集团军通化206医院做过手术但是医院证明被连队首长收回去了，我该怎么办理

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去连队调出证明。

去三甲医院检查，应该可以证明你做过手术，至于你非要证明是206医院做的手术，不知道有什么必要？

唯一办法是找到原来的部队，找到相关知情人，然后由部队出具伤残鉴定才可以，否则，民政部门是不会认可的。