进口药品增值税率3%，没按简易征收核算。销售时按16%的税率，有点不明白这样不就亏了税额吗？

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如果可以申请简易征收，可以考虑对公司整体增值税的影响后决定要不要采用。简易征收就不能开专票给客户。开16%的专票虽然税率高，但客户可以全额抵扣。所以也要结合销售角度。希望帮助到你。