（1）在显微镜下，细菌区别于单细胞动、植物的特点是没有成形的细胞核理想状态下，细菌每半小时分裂一次，那么2小时后，1000个细菌会变成16000个．（2）玉米种子具有但菜豆种子没

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解析：此题考查的是细菌的结构特点、生殖方式、玉米种子与菜豆种子的区别、鸟类的起源．可以从细菌、植物细胞、动物细胞的结构、细菌飞分裂生殖、玉米种子与菜豆种子的区别、胚的结构、始祖鸟化石的特点方面来切入．

（1）细菌的基本结构有细胞壁、细胞膜、细胞质和DNA集中的区域，没有成形的细胞核；植物细胞有细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核、液泡、和叶绿体；动物细胞的有细胞膜、细胞质、细胞核．因此细菌区别于单细胞动、植物的特点是没有成形的细胞核．细菌是靠分裂进行生殖的，也就是一个细菌分裂成两个细菌．理想状态下，细菌每半小时分裂一次，那么2小时后，细菌分裂了4次，因此1000个细菌会变成1000×24═16000（个）．
（2）菜豆种子的结构包括胚和种皮；玉米种子的结构包括种皮、胚和胚乳．因此玉米种子具有但菜豆种子没有的结构是胚乳．新植物的幼体是胚包括胚芽、胚轴、胚根和子叶，因此胚乳不是属于新植物的幼体．
（3）始祖鸟化石．始祖鸟的身体大小如乌鸦，它保留了爬行类的许多特征，例如嘴里有牙齿，而不是形成现代鸟类那样的角质喙；指端有爪等；但是另一方面，始祖鸟又具有鸟类的一些特征，如已经具有羽毛，在一些骨骼形态上也表现出一些鸟类特征或过渡特征，如它的第三掌骨已经与腕骨愈合，总之，它的身体结构既和爬行动物有相似之处，又和鸟类有相同之处，根据以上特征，科学家认为始祖鸟是由爬行类进化到鸟类的一个过渡类型．因此始祖鸟化石可证实鸟类的祖先是爬行动物．
故答案为：
（1）成形的细胞核；16000；
（2）胚乳；不是；
（3）始祖鸟；爬行动物．