在已知某一小片段基因碱基序列的情况下，获得该基因的最佳方法是A.用信使RNA为模

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B解析仅已知某一小片段基因碱基序列，没有信使RNA，所以用信使RNA为模板逆转录形成DNA不符合题意，A错；题中也未提供目的DNA，所以将供体DNA片段转入所受体细胞中，进行进一步筛选不符合题意，C错；题中也没有相应的蛋白质，所以由蛋白质的氨基酸序列推测信使RNA也是不成立的，D错。由于已知了某一小片段基因碱基序列，所以可以以4种脱氧核苷酸为原料人工合成，B正确。故本题选B。