某个基因含有6000个碱基，由它控制合成的一条肽链所含的肽键应是A.999个B.

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A解析DNA分子一条链为模板转录形成信使RNA，而信使RNA上三个连续的碱基决定一个氨基酸，所以应决定氨基酸最多为1000个，形成一条多肽链肽键数最多为999个。