生命起源的第二步是由氨基酸等有机小分子合成蛋白质 核酸、　等有机大分子

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解析：化学起源假说认为，地球上的生命是在地球温度逐步下降以后，在极其漫长的时间内，由非生命物质经过极其复杂的化学过程，一步一步地演变而成的．化学起源说将生命的起源分为四个阶段：第一个阶段，从无机小分子生成有机小分子的阶段；第二个阶段，从有机小分子物质生成生物大分子物质；第三个阶段，从生物大分子物质组成多分子体系；第四个阶段，有机多分子体系演变为原始生命．即从无机小分子物质生成有机小分子物质→从有机小分子物质合成大分子有机物质→从有机大分子物质聚变为独立的体系→从独立体系演变为原始生命．
故答案为：蛋白质 核酸