南方地区正在进行的两项跨世纪工程为长江中上游流域的防护林工程和长江三峡水利枢纽工程√．

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解析：南方地区正在进行的两项跨世纪工程为长江上中游流域的防护林工程和长江三峡水利枢纽工程．
解；长江上中游流域的防护林工程和长江三峡工程是南方地区正在进行的两项跨世纪工程．
故答案为：√．