矮牵牛花瓣中存在合成红色和蓝色色素的生化途径（如图所示，A、B、E为控制相应生化途径的基因）．矮牵牛

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A、让基因型为AABBEE×aaBBee的或AABBee×aaBBEE亲本杂交得F1，基因型为AaBBEe．由于BB纯合，所以F1自交产生F2的表现型及比例为：紫色（A_BBE_）：红色（A_BBee）：蓝色（aaBBE_）：白色（aaBBee）=9：3：3：1，A正确；B、由以上亲本基因型可知BB是纯合的，所以无法判断A、B、E基因是否都独立遗传，B错误；C、F2中蓝色矮牵牛花的基因型为aaBBEE和aaBBEe，比例为1：2，所以其自交后代中纯合子的概率为13+23×12=23，C正确；D、F2中紫色个体（A_BBE_）与白色个体（aaBBee）杂交，完全可能出现白色个体（aaBBee），D正确．故选：B．